Utilisation en mode interactif¶

VALERIA offre un environnement Jupyter pour l'exécution de notebooks interactifs exécutant Python par défaut.

JupyterHub¶

JupyterHub permet de lancer votre session JupyterLab sur un serveur de calculs. Vous pouvez y réserver les ressources désirées ainsi que la version de Python à utiliser.

JupyterHub est accessible depuis :

le portail VALERIA, https://valeria.science, puis sélectionner « Jupyter »
ou via l'adresse jupyter.valeria.science

JupyterLab¶

JupyterLab est l'interface pouvant exécuter les notebooks Python. Cet outil permet aussi de lancer un terminal, RStudio, Visual Studio Code et autres applications. Vous pouvez gérer vos fichiers et répertoires de l'environnement de calcul depuis l'interface web de JupyterLab.

Dès le démarrage du JupyterLab, cerDans le cas où vous auriez besoin de consulter rapidement de l'aide sur une librairie, ltains modules sont chargés et des environnements Python pré-constuits sont déjà disponibles pour une utilisation interactive rapide et simple. Ces environnements comprennent des librairies communément utilisées pour faire l'analyse de données, divers calculs et visualisations.

Les plus notables sont:

NumPy - Pour le calcul scientifique
SciPy - Pour le calcul scientifique
pandas - Pour l'analyse et la manipulation de données
matplotlib - Pour la visualisation de données

Avant d'installer et de charger des extensions Python dans votre environnement, valider si ces extensions ne seraient pas déjà chargées avec la commande suivante :

Dans un terminal :

module spider scipy-stack/2023a

Dans un notebook :

!module spider scipy-stack/2023a

Notebook¶

Les notebooks Jupyter sont fréquemment utilisés pour effectuer de l'analyse interactive en Python.

Ce sont des cahiers électroniques qui, dans le même document, peuvent rassembler du texte, des images, des formules mathématiques et du code informatique exécutable.

Pour créer un nouveau notebook, il suffit de cliquer sur la pastille avec la version de Python désirée, la création est effectuée dans le dossier courant.

Pour voir un exemple de notebook Python : - Aller dans: public/exemples/400/ - Ouvrir le notebook demonstration.ipynb

Les notebooks sont composés de cellules qui contiennent généralement du code ou du contenu formaté au format Markdown, qui est un langage de balisage léger.

Console¶

Outre les notebooks, il est possible de lancer une console Python interactive en cliquant sur la pastille, sous "Console" dans le menu du lanceur.

Voici un exemple d'utilisation:

import pandas as pd
import numpy as np

La touche entrée permet permet de saisir du code sur plusieurs lignes, lorsqu'on est prêts à envoyer une commande il suffit de faire SHIFT + ENTRÉE.

Il est également possible de charger des données qui sont disponibles dans un dossier public:

titanic = pd.read_csv('/public/exemples/datasets/titanic.csv')

Remarquez que, si vous appuyez la touche TAB, une liste de méthodes possibles vous est offerte.

Aide supplémentaire¶

Le menu d'aide (Help) vous permet de consulter la documentation concernant les principales librairies disponibles.